Tidak ada jawatan yang paling tinggi dalam perkhidmatan awam melainkan jawatan Ketua Setiausaha Negara yang juga bertindak sebagai setiausaha kepada jemaah menteri. Beliau menjadi KSN dari 3 September 2006 sehingga bersara wajib pada 23 Jun 2007 setelah mencapai umur 56 tahun. Beliau dilantik semula secara kontrak sebagai KSN untuk tempoh dua tahun mulai 24 Jun 2007 dan perkhidmatannya itu kemudian dilanjutkan beberapa kali mengikut tempoh kontrak sehinggalah 23 Jun 2012.

Pengganti beliau ialah Datuk Seri Dr Ali Hamsa, yang merupakan Ketua Pengarah Unit Kerjasama Awam-Swasta di Jabatan Perdana Menteri , mengambil alih jawatan KSN daripada Sidek secara rasminya Isnin , 25 Jun 2012.[2]